在《超迷你战士第六季：史前大冒险》中时间追溯到了原始时代，原始人正在遭遇各种各样的烦恼，而这些烦恼是被负能量所化的“烦恼精灵”造成的！发明超过500的女娃先知制造出了充满正能量的“超迷你战士”迷你勇和迷你萌，开始了以打败烦…

体力太差跑不动？老是忘东又忘西！原来人类的烦恼有可能不是自己造成的，而是烦恼星人制造的！还好，智商500的女娃博士用勇气与快乐能量创造出《超迷你战士》来帮助人类打败烦恼！虽然在大决战中暂时打退了可恶的烦恼星人，但是更强大的…

超迷你战士与超超迷你战士通力合作，利用加减乘除的力量将所有烦恼星人全部变回烦恼蛋。但新的烦恼星人“恶果大王”就此登场，想女皇和萌的乱来之力让超迷你战士和烦恼星人频繁变人。另一边，疯癫的旋女贝比又来捣乱，超麻烦战士又惹出了…

拒绝别人难吗？收过无法拒绝的礼物吗？勇敢的超迷你战士收到了烦恼星人老大想女皇的礼物，这个可怕的礼物竟然让超迷你战士失去了战斗能力！关键时刻，红发小帝带着哥哥快递小婴现身，这些欢喜冤家们能齐心协力、用快乐与勇气打败接踵而来…