该剧主要讲述了吴邪、王胖子、张起灵铁三角在十年之约结束、退隐雨村之后，重新为了亲情、友情，踏上了一段冒险之旅，在经历生死危机的考验后，他们揭开重重迷雾，获得新生的故事。

该剧改编自马伯庸的同名小说，算学天才帅家默因一次偶然，发现仁华县税赋账册一个长达百年的赋税错误，开启了纠错证实之路。百姓、官员、乡绅，不同阵营因丝绢案牵扯在一起，纠葛不断，相互斗法。

《显微镜下的大明》由《学霸必须死——徽州丝绢案始末》《笔与灰的抉择——婺源龙脉保卫战》两个故事组成。其中前者主要讲述了万历年间，一项不公正的税收政策在徽州府引发了旷日持久的混乱，这是一场乱民、县官、州府、户部、首辅、皇帝…

该剧主要讲述吴邪在十一仓得知三叔在死当区发现听雷这件事后，再次出发前往调查。与王胖子、张起灵、白昊天等一路追寻三叔的足迹，最终前往雷城的故事。但随着“听雷”的秘密逐步揭开，一个暗藏许久的阴谋也在逐步向他们逼近......

在赌场内“散步”的小老千陈少卿欠下黑道老大林啸东一只手，为了保住这只手，陈少卿不得已将一条财路乖乖奉上。并带着林啸东找到假扮探长肥唐行骗的“千面鬼脸”以及躲在监狱中颐养天年的“不动石佛”两位江湖巨骗。不曾想两位骗术大师竟…